Управление ГАУ ДПО РК «Карельский институт развития образования» осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом ГАУ ДПО РК «Карельский институт развития образования» является ректор, который осуществляет текущее руководство деятельностью Учреждения.
Рабочим органом оперативного управления Учреждением является ректорат.
В Учреждении формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся Наблюдательный совет, Общее собрание работников Учреждения, Педагогический (Ученый) совет.